Assemblea
Composizione:
da un membro permanente di ciascuno degli Enti fondatori del Centro (di cui fa parte il Comune di Firenze)
Nomina:
- 1 il Sindaco del Comune di Firenze o suo delegato
- 1 il Presidente della Provincia di Firenze o suo delegato CESSATO
- 1 il Rettore dell'Università degli studi di Firenze o suo delegato CESSATO
- 1 il Presidente dell'Ordine dei Medici o suo delegato
- 1 il Direttore generale dell'azienda sanitaria di Firenze o suo delegato
- 1 il Direttore generale dell'azienda sanitaria Ospedaliera Careggi o suo delegato
- 1 il Direttore generale dell'azienda sanitaria Ospedaliera Meyer o suo delegato
- Direttore Generale Azienda USL 4 Prato o un suo delegato
- Direttore Generale Azienda USL 3 Pistoia o un suo delegato
- Direttore Generale Azienda USL 11 Empoli o un suo delegato
- Direttore Generale Azienda ESTAV Centro o un suo delegato

Durata in carica: non ha scadenza

Consiglio di Amministrazione: composto da 4 a 8 membri scelti nella compagine dell'Assemblea.
Durata: 3 anni o durata inferiore stabilita al momento delle elezione per consentire una maggiore turnazione

Presidente
Nomina
L'Assemblea a maggioranza qualificata fra i suoi componenti
Durata in carica:
5 anni

Comitato Scientifico
Composizione:
da un minimo di 6 membri ad un massimo di 10 membri più il Presidente.
Fanno inoltre parte del Comitato:
- il Direttore dell'Istituto e Museo di storia della scienza
- 1 membro del Provveditorato agli Studi CESSATO
- 1 membro indicato dall'Assessore al diritto alla salute della Regione Toscana.
Nomina:
L'Assemblea nomina il Presidente del Comitato scientifico e, su sua proposta, i membri elettivi del Comitato scientifico.
Durata: 5 anni (Comitato e il suo Presidente)

Collegio dei Sindaci Revisori
Composizione
3 membri
Nomina:
- 1 dal Comune di Firenze
- 1 dall'Ordine dei Medici di Firenze
- 1 dall'Azienda sanitaria di Firenze (che designa il Presidente)
Durata in carica:
4 anni